对于软件企业来说，大部分的软件知识产权发生形式表现为对软件著作权的侵权，因此，软件著作权的保护是每个软件知识产权维权的重点。
而软件著作权侵权的难点在于如何收集相关证据以及如何判定侵权？关于如何判定软件著作权侵权，目前在司法实践中主要采用的原则是“实质性相似+接触+排除合理解释法 ” （过错推定） （Access&SubstantialSimilarity），具体分为三个方面：
1、实质性相似判断是难点。司法实践中除了通过简单的对比可以判定外，更多的须依赖专家鉴定的方式来解决，因为软件著作权侵权本身涉及到专业的技术认定，具有一定的复杂性，往往通过司法鉴定的方式认定。
2、接触，即以前曾有研究、复制权利人的软件产品的机会，例如曾经的合作伙伴、销售代理、曾为权利人单位员工等等；
3、排除合法解释法：抗辩的理由一般表现为独立开发中设计巧合、表达方式有限、不同的计算机语言以及来源于第三者（善意）等。
“实质性相似+接触”原则是国际通行的计算机软件著作权侵权判断准则之一。
“实质性相似”指被控侵权的软件在表达方式上与原告的软件存在实质性的相似，主要分为两类情形:
一是文字部分相似，以软件程序代码中引用的百分比为依据来判断;
二是非文字部分相似，主要靠定性分析来，量化分析比较困难。
总的来说，所谓实质性相似应是指软件整体上的相似，包括软件程序的组织结构、处理流程、所用数据结构、所产生的输出方式、所要求的输入形式等方面的相似，并不单纯以引用的文字百分比来判断。
判断“实质性相似”的主要方法：
一是对照法：即对侵权软件和被侵权软件进行直接对比。这种对比包括两段源程序对比、源程序和目标程序间的对比、两段目标程序间的对比。
二是测试法：通过对两个软件进行测试，如果各中间结果都基本一致，则应属于实质性相似，从而构成侵权。
三是逐层分析法：判断两个软件是否构成实质性相似，有时不能拘泥于将两段程序做直接的比较，以相似之处的数量的多寡来认定，而是要从系统设计、功能设计、结构顺序、结果的输入输出等方面逐层分析。
四是整体感觉法：对于“整体上的相似”的判断要求有一个独特的观察角度，即普通软件用户的角度。
五是“掺假”发现法：即在计算机程序中加入一些对程序运行没有意义和作用的指令和符号，如开发者的姓名，单位或者废程序段等等;或是采用很难为盗版者所发现和修改的独特的代码序列，作为“伪装记号”来保护程序。这样，在进行技术鉴定时，如果发现两个软件的这些随机性很强的无意义特征都相同或基本相同，则可以成为证明实质性相似的有力证据。
单凭“实质性相似”并不能判断侵权行为。独立开发时的设计巧合、由于可供选择的表达方式有限等也可能导致软件程序的相似。所以在认定“实质性相似”后，还要判断“接触”事实。
这里的“接触”指被控侵权软件的开发者以前曾有研究、复制权利人的软件产品的机会。我国在法律实践中借鉴了“实质性相似+接触”原则，并引入“排除合理解释”，修正为“实质性相似+接触+排除合理解释”原则，即在认定了实质性相似和接触的情况下，仍允许被告通过对“实质性相似”的合理解释来否认侵权。
“实质性相似+接触+排除合理解释”原则的主要优点是能够合理分配举证责任。
由于计算机软件的“接触”在极短时间内即可实现，对接触事实的举证非常困难。司法实践中，被侵权人举证的往往是侵权人具有接触的条件，是“可能性”而非“事实”。引入“排除合理解释”后，在确认“实质性相似”的基础上，被侵权人举证“接触”的可能性，侵权人举证其“合理解释”。
通过这两个环节，可以更合理地分配原告和被告之间的举证责任，实践中也易于操作。当然，如果被侵权人能够举证接触事实，则可以直接认定侵权事实。
在司法实践中，由于计算机软件兼具“文字作品”和“实用工具”双重属性，确定“思想、表达二分”的具体法律标准一直是个倍受争议的问题。
各种形式的计算机程序的编码(Code)即文字性(Literal)成分都是思想的表达，应受到著作权法的保护；而程序的功能目标，通常认为属于思想领域，是不受著作权法保护的，这两部分的界限非常清晰，随后的难点在于在编码和功能目标之间存在着一个宽泛的模糊区域，是仅通过编码与功能目标的划分所难以规制的。例如：程序的总体结构、接口设计、屏幕显示等所谓程序的非文字(Non-Literal)部分，这部分中间区域哪些属于思想，哪些属于表达，是有待进一步的法律标准来明确的。
美国判断软件著作权侵权的方法参考：
1）SSO法则是解决这一问题的尝试。
所谓SSO，即计算机软件的结构(Structure)、顺序(sequence)和组织(organization)。
程序的结构就是一个程序的各个组成部分的构造以及数据结构；程序的顺序，就是程序各部分在执行过程中的先后顺序，也就是所谓的程序的“流程”；程序的组织，则是程序中各结构及顺序之间的宏观安排。
SSO法则认为，虽然被告的程序与原告的程序代码完全不同，但二者的结构、顺序和组织相同或相近似，仍构成侵犯著作权。这一法则确立于美国Whelan公司诉Jaslow公司案。
由于计算机软件的每一个子程序，乃至细分的各级子程序，都可能既是思想同时也是思想的表达，程序的各个层次又存在着相应的结构和顺序， SSO法则将计算机软件著作权的保护范围扩大到了软件作品的思想，逾越了著作权法的界限。
从计算机软件发展规律来看，开发新软件总要借鉴前人的思想，SSO标准只会强化大公司的垄断地位，不利于鼓励竞争。
同时，在侵权行为认定中严格适用SSO标准将使得对软件的反向工程在法律上变得非常困难，从而遏制可兼容性产品的开发。软件用户在软件的价格、品种等方面也会失去选择的机会，将窒息软件产品的创新，不利于软件技术和产业的发展，有悖于著作权法的宗旨。
2）“抽象-过滤-比较”三步判断法
该判定法认为，判断被告软件中的结构、顺序及组织是否侵犯了原告软件的著作权，应分三步有层次地认定，而不能不加分析地判定结构、顺序和组织相似，就一定构成侵权。
第一步，“抽象法”。把原告、被告作品中属于不受著作权法保护的“思想”本身，从“思想的表达”中剥离。如果两部作品只是创作或设计思想本身相同，即使这种相同十分明显也不构成相同或“实质性相似”。为此，可将软件程序分解为由低到高的不同层次。随着层次的上升，越来越多的“思想”被凸显出来，从而使能够被推定为“思想表达形式”的因素越来越少。
第二步，“过滤法”，即将不受保护的资料与受保护的表达分离开，以限定原告作品著作权保护范围。不受保护的资料在认定上主要有三种方法：
其一是融合学说。该学说认为，当某一思想只有唯一的或为数极少的表达时，则表达与思想融合为一，其中的表达不受著作权保护。
其二，通用元素说。该学说认为作品的表达包含字面表达与非字面表达，字面表达受著作权法保护，但非字面表达只有属于独创性时才有可能受著作权法保护。
其三，公有领域因素说。认为一切属于公有领域的资料都排除在著作权保护之外。
第三步，“对比法”，即经“抽象”和“过滤”之后，把剩下部分进行对比，如果被告作品中仍然有内容与原告作品“实质性相似”，可认定为侵权。具体对比方法主要有三种：
一是“摘要层次”测试法。即将原告的作品和被告的作品做出一系列抽象层次不等的摘要，然后进行比较。如果两者的相似是在思想观念上，就不存在实质性相似。如果两者的相似在表达上，则构成实质性的相似。该检验法一直是美国法院判定实质性相似的占支配地位的方法。
二是“一般读者”检验标准。指在对作品的实质性相似的认定上应从作品的一般读者的角度来考虑。在特定的侵权纠纷中，什么样的人可以作为一般读者是个有争议的问题。因此，对该标准的使用多依赖法官或陪审团的感觉。
三是“作品所针对的读者”检验标准。
这是对“一般读者”标准的修正，指如果作品所针对的读者较为狭窄，读者需要具备特定的专业知识，那么法院调查重点就是接受作品所针对的读者，或者接受那些具有专业知识读者的举证。
“抽象-过滤-比较”三步判断法发展了“思想、表达二分”原则，对判断“实质性相似”提出了新的具体判断准则。但该判断法操作难度较大，对法官的素质和能力提出了更高的要求。
在信息化时代，计算机软件开发与创新能力关系到国家竞争能力，必须对计算机软件著作权进行严格的法律保护。我国目前已初步建立起计算机软件著作权保护的法律体系。当前，最重要的是要正确运用有关法律法规，严厉打击计算机软件侵权行为。司法实践中的一大重点和难点是对计算机软件著作权侵权行为的认定问题。案件具体情况不同，采用的认定方法也不同。
司法实践中，应综合采用“思想、表达二分”法、“实质性相似+接触+排除合理解释”法、 “抽象-过滤-比较”三步判断法等办法，对软件侵权进行认定。同时，要注意计算机软件著作权的权利限制，避免在“合理使用”、“权利穷竭”、“反向工程”等情形下滥用软件著作权的保护规则。
最后，关于侵权赔偿数额的计算问题，分为全部赔偿原则和法定赔偿原则，具体的计算标准为：
（1）给权利人造成的实际损失；
（2）因侵权而获利的数额；
（3）使用盗版软件按正版软件计价；